Les matchs de qualification font rage. Nos amis essaient à tout prix d'accumuler des points dans le but de participer à l'ultime bataille. En route pour un de ces fameux matchs, Gingka se fait attaquer par des voleurs de points. Un mystérieux blader arrive à sa rescousse. Il s'agit de Tsubasa et de son extraordinaire toupie : Earth Eagle. Les deux nouveaux amis décident de se rendre ensemble au tournoi. En route, ils apprennent à se connaître et Tsubasa donne à Gingka quelques précieux conseils sur l’art du duel.

Yu est récompensé d'avoir gagné le combat de survie : son voeu quel qu'il soit sera exaucé. Mais Doji arrive avec un message. Il va organiser une compétition de Beyblade au niveau national. Les bladers qui se qualifieront pourront se mesurer au champion Ryuga et à sa toupie L-Drago. Quand Ryuga lui-même fait son apparition, Gingka le provoque en duel, mais Ryuga refuse de l'affronter. Un peu plus tard, nos amis se retrouvent dans un stade en ruine pour tester, dans un combat amical, leur force au combat. C'est Gingka et Pegasus qui sortent vainqueurs de cette passionnante bataille. De retour au village de Koma, Hyoma rapporte les nouvelles à Hokuto, qui souhaite vivement la victoire de Gingka. Gingka est prêt, mais est-ce que cela suffira à lui faire remporter la victoire ?

A la finale du combat de survie, les derniers participants en lice sont Kyoya, Gingka, Madoka et Yu. Lors du duel féroce entre Kyoya et Yu, le groupe découvre que la toupie de Kyoya a été endommagée au cours de son duel face à Hyoma. S’il continue le combat face à Yu, Rock Leone pourrait être abîmé à tout jamais. C’est à Madoka, toujours en lice, de battre Kyoya pour lui informer de l’état de sa toupie et pour la sauver. Elle y arrive et Kyoya se retire de la compétition. Il ne reste plus que Yu et Gingka. Le duel est passionnant mais Yu finit par gagner grâce à son incroyable coup spécial. Yu, grand vainqueur de la compétition, se voit offert un vœu. Il veut l’ « ultime bataille ». Mais qu’est-ce que l’ « ultime bataille » ?

Le combat de survie continue et le suspense reste intact alors qu’il reste encore huit concurrents en lice… Qui sera le vainqueur ??

Le combat de survie continue et chacun se bat de toutes ses forces pour rester en lice. Kyoya et Hikaru combattent l’un contre l’autre mais ils sont interrompus pas d’autres bladers qui leur ont tendu une embuscade.  Lorsqu’ils les mettent en fuite, Kyoya se retrouve face à Hyoma et ils bataillent jusqu’à ce que Kyoya gagne. Pendant ce temps, Benkei, Kenta et Hikaru démarre un combat à quatre avec un garçon à l’air innocent, Yu qui gagne la partie grâce à une stratégie étonnante.

Le monde des bladers est en émoi : l'association mondiale de beyblade organise un concours exceptionnel : un combat de survie. Les bladers seront conduits sur une île déserte et une fois là-bas, tout leur sera permis pour remporter la victoire. Le prix de ce concours est fabuleux : le blader victorieux verra son voeu le plus cher exaucé, quel qu'ils soit.
Les imaginations s'enflamment, tous voient déjà leur voeu le plus cher exaucé. Nos amis s'inscrivent tous, naturellement, et se retrouvent bientôt sur la fameuse île déserte. Mais ils s'aperçoivent vite que la lutte sera dure.

En travaillant sur les toupies de nos amis, Madoka découvre une faiblesse dans le Dark Bull de Benkei. Elle procède alors à quelques ajustements en intervertissant les pièces du Sagittario de Kenta et celles du Dark Bull de Benkei. La combinaison des différentes pièces donne aux deux toupies de nouveaux pouvoirs. Benkei et Kenta doivent maîtriser très vite ces changements pour participer à un grand tournoi de Beyblade dont toutes les épreuves ont lieu dans des arènes aquatiques. Soutenus par les encouragements de Gingka et Madoka, nos amis remportent toutes les épreuves les unes après les autres. La tactique de changements de pièces de Benkei et Kenta les entraîne tout droit vers le succès. Mais finalement, c'est grâce à leur compétence et à leur véritable esprit de bladers qu'ils remportent la victoire !

Gingka vient de rentrer de son expérience revigorante dans les montagnes. Gingka se rassemble avec ses amis dans le village de Koma. Accompagné d’Hyoma, il montre à ses amis les stadiums de beyblade où lui et Hyoma avaient l’habitude de jouer quand ils étaient enfants. Ils finissent par se rendre aux enfers verts, où Gingka n’a jamais réussi à vaincre Hyoma. Hyoma défie à nouveau Gingka et pour la première fois, Gingka gagne grâce au coup spécial de Pegasus, l’explosion stellaire. Hyoma pense que sa mission de rival numéro un est achevée mais Gingka lui dit qu’il n’a jamais assez de rivaux. Du coup, tout le monde veut se mesurer à Hyoma, ce qui lui donne l’impression d’être un membre du groupe.

En arrivant enfin au village, le groupe ne retrouve pas Gingka mais un chien parlant, nommé Hokuto. Gingka grimpe au sommet d’une montagne pour obtenir un parchemin qui pourrait être la clé de sa victoire face à Ryuga.

Le groupe arrive enfin au village de Koma mais Gingka n’est plus sur place. Ils rencontrent un chien parlant d’une grande sagesse nommé Hokuto, il est un vieil ami de Gingka. Hokuto leur annonce que Gingka est en train de faire l’ascension d’une montagne afin de trouver un parchemin caché dans un sanctuaire au sommet de la montagne. Gingka est déterminé à découvrir ce parchemin qui pourrait indiquer un moyen d’obtenir plus de pouvoirs pour Pegasus. La bande insiste pour retrouver Gingka et se dirige donc vers la dangereuse montagne.

Le difficile et épuisant voyage à travers les montagnes continue. Mais bientôt, nos amis s’aperçoivent qu'ils tournent en rond et qu’Hyoma les a bernés. Fous de rage, ils obligent ce dernier à se dévoiler et finissent par l'affronter un par un lors de duels beyblade. À la fin de ces combats, nos amis ont une fois de plus prouvé qu'ils avaient le véritable esprit des bladers et Hyoma accepte de leur faire confiance et de les mener à son village.

Kenta a trouvé une lettre de Gingka: il doit quitter ses amis pour quelque temps, mais il ne peut pas leur dire pourquoi. Kenta est triste de sentir que Gingka ne se remet pas de sa défaite face à Ryuga dans le complexe de la Nébuleuse Noire, où sa toupie Pegasus a dû s'incliner devant la puissance extraordinaire de L-lightning Drago. La victoire de Ryuga semble avoir brisé la confiance en soi de Gingka. Les amis de Gingka sont inquiets pour lui. Ils se rendent à Koma, le village natal de leur ami, où ils pensent que celui-ci est allé se réfugier. Le village est situé dans des montagnes reculées et les sentiers rocailleux qui y mènent dissimulent bien des dangers. Heureusement ils rencontrent un nouvel ami, Hyoma qui leur offre son aide. Hyoma accepte de guider le groupe vers le village, mais Kyoya a des doutes... Hyoma est-il vraiment un ami ?

Kenta confronte Gingka et Gingka finit par lui raconter son passé. Nous apprenons que le père de Gingka, Ryo, était le premier propriétaire de la toupie Pegasus et que son adversaire principal était Ryuga. Ryuga vainc Ryo dans un duel entre Pegasus et la toupie interdite Lightning L-Drago. Cette toupie provoque l’effondrement de la montagne Hagane et Ryo périt dans les décombres. Ryo dit ses derniers mots à son fils. Il lui demande de vaincre Ryuga pour que L-Drago retourne à sa place. C’est pourquoi, toutes ces années, Gingka a travaillé si dur pour améliorer ses compétences.

Gingka affronte son ancien adversaire Ryuga… mais sa colère entrave ses chances de gagner.

A l’intérieur du château de la Nébuleuse noire, Gingka est face à face avec son vieil ennemi… Ryuga qui possède la Toupie Interdite, L-Drago.  Gingka révèle que Ryuga est la seule personne au monde qu’il ne pardonnera jamais. Un combat s’ensuit durant lequel la colère de Gingka alimente le pouvoir de L-Drago.  Ryuga  pousse Gingka à bout en lui disant que son père n’était pas non plus à la hauteur. Cela augmente la colère de Gingka et malgré les avertissements de ses amis, Gingka bataille encore plus durement, aidant ainsi Ryuga à récupérer ses forces et remplissant L-Drago de pouvoir. C’est une défaite bouleversante pour Gingka.

Nos amis se sont introduits dans le complexe de la nébuleuse Noire. Doji les informe qu’il les attend au dernier étage. Mais, pour rejoindre ce dernier étage, ils doivent franchir toutes sortes d'obstacles, affronter de dangereux bladers et différents dispositifs de défense et d’agression. Ce sont finalement les talents d'informaticienne de Madoka qui leur permettront de franchir les obstacles et de se retrouver face à leur pire ennemi.

Doji arrive pour boire à la santé de la victoire de Gingka. Mais Gingka n'a pas le temps d'apprécier ses félicitations. Doji lance Dark Wolf et humilie Kyoya lors d'un duel. Benkei rejoint Kenta, Gingka et Madoka pour les aider à trouver le quartier général de Doji et pour détruire sa toupie interdite L Drago. Mais Doji les attends et leur envoie un escadron d'avions de chasse pour essayer de détruire les toupies de la bande une fois pour toutes. Obligés de combattre des ennemis bien supérieurs en nombre, nos amis sont vraiment en difficulté. Heureusement, un allié inespéré les rejoint: Kyoya, dont la toupie, Rock Leone, arrive à renverser la situation. Tous se lancent alors à nouveau à la poursuite de Doji.

Kenta porte Benkei jusqu’au B-Pit. Benkei est très mal en point. Il demande à Gingka de montrer à Kyoya ce que le beyblade veut vraiment dire. Gingka le lui promet au moment où Benkei commence à ronfler. Gingka rencontre Kyoya et le duel commence. Kyoya crée une tornade dans la ville. La foule se rassemble et soutient Gingka. Gingka réalise que le beyblade consiste à lier des amitiés lors de combats. Avec ses amis à ses côtés, il vainc Kyoya. Le mystérieux Doji ; impatient de rencontrer Gingka, fait son apparition.

Kyoya revient de Wolf Canyon et combat Benkei en détruisant l’entrepôt où ils se trouvent; Gingka propose un duel à Hikaru.

Lorsque Kyoya revient de Wolf Canyon, il démantèle le groupe des Chasseurs de Têtes et affronte Benkei dans un combat qui s’avère particulièrement destructeur. Kenta arrive pour aider Benkei, mais sans résultat. Les attaques de Kyoya sont tellement intenses que l’entrepôt lui-même est détruit. Pendant ce temps, Gingka retrouve Hikaru, la complimente pour son combat contre Kenta et la défie à un duel Beyblade. Après un dur combat, Hikaru est déçue d’avoir perdu mais Gingka lui rappelle que s’amuser est aussi une part importante du Beyblade.

Pour prouver son empressement à battre Gingka, Doji envoie Kyoya dans le Wolf Canyon où il devra escalader une montagne et combattre des loups sauvages. Entre-temps, les amis de Kenta supplient Benkei de les entraîner eux aussi ; il finit par accepter. Alors que Gingka est aux toilettes, ces dernières se transforment en plateau de jeu télévisé. Un animateur, Merci, indique à Gingka qu’il a été sélectionné pour jouer à un nouveau jeu. Mais en réalité, ce n’est qu’une ruse de Doji. Il a ordonné à son ordinateur, Merci, de tester les compétences de Gingka et de recueillir des données sur lui. Entre-temps, Kyoya arrive au sommet du Wolf Canyon et est prêt à affronter Gingka.

Benkei entraîne Kenta pour qu’il affronte de nouveau Hikaru Hasama; Madoka donne à Kenta une pièce de toupie pour l’aider à créer son coup spécial, qu’il finit par utiliser pour vaincre Hikaru Hasama.

Benkei entraîne Kenta pour que le jeune blader puisse affronter à nouveau et vaincre Hikaru Hasama.  Madoka donne à Kenta un boulon en métal pour qu’il l’ajoute à sa toupie Sagittario et lui annonce que ça l’aidera à créer son coup spécial.  Pendant ce temps, Hikaru découvre que Kenta s’étant fait passer pour Gingka lors de leur duel, elle n’a pas vaincu le vrai Gingka. Elle exige un duel avec le véritable Gingka mais lorsqu’elle est censée retrouver Gingka, Kenta l’intercepte et la défi à nouveau. Cette fois-ci, il utilise son coup spécial et bat Hikaru.  
 

Les chasseurs de tête rencontrent Hikaru Hasama qui a juré à sa mère, il y a bien longtemps, qu’elle deviendrait le meilleur blader du monde. Elle sait qu’elle doit battre Gingka et va le défier en duel via Benkei. Gingka est alité avec un rhume et Madoka le force à se reposer avant qu’il ne reparte mener des duels. Kenta est décidé à trouver son coup spécial. Sachant que Gingka est incapable de se battre, Kenta se fait passer pour lui et affronte Hikaru. Kenta n’arrive pas à vaincre Hikaru et perd tous ses points. Kenta est dévasté mais gagne le respect de Benkei.

Lorsqu’un voyou obsédé par les crabes appelé Tetsuya Watarigani kidnappe Madoka, Gingka doit le combattre pour la sauver.

Gingka refuse de combattre un voyou obsédé par les crabes appelé Tetsuya Watarigani mais lorsqu’il révèle qu’il détient Madoka et qu’il ne la relâchera qu’une fois le combat gagné par Gingka, ce dernier n’a plus le choix. Un combat animé s’en suit, Durant lequel Watarigani se montre particulièrement déloyal. Mais alors que Gingka est coincé, Madoka réapparaît. Elle a été sauvée par nul autre que… Benkei. Avec les encouragements de Madoka, Gingka joue une dernière manche contre Watarigani et vainc cet étrange personnage.