Lors de l'inscription à un match de qualification, Kenta retrouve son vieil ami Hyoma dans la file d'attente. Hyoma et Kenta s'apprêtent à remporter le tournoi lorsque Yu arrive et défie Hyoma dans une bataille imprévue. Hyoma est surpris par les talents de Yu et de sa toupie Flame Libra. Hyoma combat sans relâche mais à la fin, lui et sa toupie Aries sont battus. Dans le même temps, Tsubasa et sa toupie Earth Eagle arrivent à l'improviste pour défier Kenta. Kenta et Sagittario déploient toute leur énergie pour tenir tête à leurs adversaires, mais Tsubasa et Earth Eagle sont plus forts qu'eux. Une fois de plus, les combattants de l'organisation de la nébuleuse noire remportent la victoire.

Doji et Yu sont à la recherche de bladers talentueux qui participeront à l’ultime bataille afin que Ryuga puisse absorber leur force. A leur étonnement, Tsubasa vainc leur blader au cours d’un tournoi mais ils ne trouvent aucun renseignement à son sujet.
De manière inopinée, Tsubasa se montre dans les locaux de la Nébuleuse Noire ; il veut que Doji teste ses compétences. Ce qu’il fait en laissant Tsubasa affronter trois bladers à la fois. Tsubasa gagne. Tsubasa affronte ensuite Yu et le vainc également. Ca suffit à Doji pour engager Tsubasa en tant que membre de la Nébuleuse Noire.

Kyoya rencontre un adversaire calculateur Tobio, alias Captaine Capri, dont les coups semblent imprévisibles mais pas imparables pour Kyoya.

Kyoya est frustré car ses adversaires ne représentent pas de vrais défis pour lui. Il bat ses adversaires les uns après les autres, et même parfois plusieurs à la fois. Il s’ennuie jusqu’à ce qu’il rencontre Tobio… aussi connu sous le nom de Capitaine Capri. Le suffisant Tobio calcule chaque déplacement bien qu’il semble imprévisible ce qui rendrait un duel avec le sauvage Kyoya intéressant. Ils atteignent la finale du Tournoi de la Tour du Prince et il semble que Kyoya soit dos au mur. Mais comme Tobio a passé son temps à se vanter de ses coups, Kyoya est en mesure de deviner les déplacements suivants de Tobio et de le vaincre. Kyoya gagne deux milles points ce qui le rapproche d’une inscription à l’Ultime Bataille.

Les matchs de qualification font rage. Nos amis essaient à tout prix d'accumuler des points dans le but de participer à l'ultime bataille. En route pour un de ces fameux matchs, Gingka se fait attaquer par des voleurs de points. Un mystérieux blader arrive à sa rescousse. Il s'agit de Tsubasa et de son extraordinaire toupie : Earth Eagle. Les deux nouveaux amis décident de se rendre ensemble au tournoi. En route, ils apprennent à se connaître et Tsubasa donne à Gingka quelques précieux conseils sur l’art du duel.

Yu est récompensé d'avoir gagné le combat de survie : son voeu quel qu'il soit sera exaucé. Mais Doji arrive avec un message. Il va organiser une compétition de Beyblade au niveau national. Les bladers qui se qualifieront pourront se mesurer au champion Ryuga et à sa toupie L-Drago. Quand Ryuga lui-même fait son apparition, Gingka le provoque en duel, mais Ryuga refuse de l'affronter. Un peu plus tard, nos amis se retrouvent dans un stade en ruine pour tester, dans un combat amical, leur force au combat. C'est Gingka et Pegasus qui sortent vainqueurs de cette passionnante bataille. De retour au village de Koma, Hyoma rapporte les nouvelles à Hokuto, qui souhaite vivement la victoire de Gingka. Gingka est prêt, mais est-ce que cela suffira à lui faire remporter la victoire ?