La demi-finale de l’Ultime Bataille est excitante. Gingka affronte un adversaire terrifiant, Reiji. Entre-temps, Yu est tenu prisonnier par Doji; il doit payer sa dette envers la Nébuleuse Noire. Hyoma et Kenta voient Doji emmener Yu et décident de ne rien dire à Gingka, étant donné qu’il est dans un duel important.  Ils se rendent eux-mêmes au complexe de la Nébuleuse Noire pour sauver Yu mais ils se voient confrontés aux sous-fifres de Doji. Hyoma se débarrasse d’eux tout seul tandis que Kenta cherche Yu.  Hyoma et Kenta finissent tous les deux par affronter Doji et sont sur le point de perdre quand un ami apparaît pour les protéger. Cet ami est … Phoenix !

C’est à présent au tour de Kenta de se battre, il doit affronter Reiji et il brûle de le vaincre pour venger Yu, sauvagement battu par les membres de la Nébuleuse noire. Mais Reiji s’avère être un combattant sadique qui, non content de vaincre Sagittario (pourtant soutenu par la Libra de Yu), tente de le détruire entièrement. Il est sauvé de justesse par Gingka qui décide d’affronter Reiji à son tour.

Le deuxième tour de l'ultime bataille commence. Les concurrents apprennent que Doji a échangé les adversaires. Benkei doit combattre Kyoya. Lui et Dark Bull ont fait des progrès mais ils finissent tout de même par devoir s'incliner devant leur adversaire.
C'est à présent à Gingka d'affronter Ryaturo qui veut absolument prendre sa revanche. Mais, après une bataille acharnée, c'est encore Gingka qui est vainqueur. Alors que ses amis le félicitent, Yu fait une entrée remarquée : il a l'air blessé et à bout de souffle.

Les duels entre les adversaires de la deuxième partie sont décidés. Le groupe d’amis s’inquiète de l’état de santé d’Hikaru qui a été violemment vaincue par Ryuga au cours du premier tour.  Ils apprennent qu’elle va bien et ils se rendent compte qu’ils doivent se concentrer sur la victoire de leurs duels à venir s’ils veulent la venger. Entre-temps, dans le complexe de la Nébuleuse Noire, Doji force Yu à affronter Reiji pour voir s’il est toujours digne de faire partie de l’organisation. Yu et Libra affrontent Reiji et Serpent mais le duel féroce se termine par une énorme explosion. Qui est le vainqueur ?

L’Ultime Bataille est sur le point de commencer !  Gingka et ses amis sont de la partie. Ils découvrent que Doji est le responsable de cet évènement. Ils se rendent également compte que les duels de la première partie ont été formés à l’avantage de Doji.  Peu importe, Benkei arrive à vaincre Captain Capri, Kenta remporte le combat face à Tetsuya et après un duel avec une finale à couper le souffle, Gingka vainc Yu.  Doji regarde les duels. Il a l’air paisible, malgré le fait que les bladers de la Nébuleuse Noire n’aient pas été à la hauteur.  Il appelle un blader inconnu pour le prochain duel. Mais qui est-ce ?